МБМХ үүсэн байгуулагдсан цагаасаа хойш ижил зорилго, чиглэлтэй гадаад, дотоодын төрийн болон төрийн бус, шинжлэх ухааны байгууллагууд, их дээд сургуулиудтай амжилттай хамтран ажиллаж байна. 

Тухайлбал ХХААХҮЯ, Швейцарийн хөгжлийн агентлаг, Дэлхийн Банкны Тогтвортой амьжиргаа төсөл, Мал аж ахуйн хүрээлэн, АНУ-ын Нью Мексикийн их сургууль, Жорнадагийн судалгааны станц, Колорадогийн их сургууль, Өвөр Монголын Хөдөө аж ахуйн сургууль зэрэг газруудтай холбоо тогтоон хамтран ажиллаж байна.